II. Rákóczi György engedetlensége arra kényszeríté az erdélyi országgyűést ülő IV. Mehmedet, a Vadászt, hogy a Fejedelemség éléről menessze azt, aki harcba kele engedmény nélkül a lengyelek ellen. Azóta, hogy először Erdély trónjára lépe, epedeze a Lengyelország trónjára is, úgy a kozákokat, svédeket, Vasile Lupu-t meg Matei Basarab-ot is bevoná terveibe, hogy eme célját elérje. A győzelem nem lőn javára és K.u. az 1657. évben vereséget szenvede.

Az erdélyi országgyűlés hallgata a Porta-ra, és távol tarták II. Rákóczit a tróntól, ám sikerüle néki azt visszaszerezni 1658-ban. Ez a legyőzés meg a visszaszerzés játéka 1660 májusáig tart, amikoris a törökök jövének újra seregeikkel, és Gyalunál mindörökre legyőzék az engedetlen fejedelmet. Azonban két évvel azelőtt, amikoris a szultán a török meg tatár seregeket küldeté, Barcsai Ákos trónra kényszerítése érdekében, menetelésük közben a szerdahelyi templom súlyos sérüléseket szenved. Három évvel később itt csatangolnak Kücsük basa seregei, majd 41 év elteltével a császári hadsereg szerb csapatai.

E konfliktusok következtében a templom ugyanakkor újításokon is ment keresztül. A XIII. század második felében felemelt román stílusú bazilika az évszázadok során mára csak az eredeti alakzatát, a főhajó oszlopjaiból négyet és a nyugati tornyot őrizte meg. Valószínű, hogy az mellékhajók magasítása a Szeben szék jóváhagyásával történt, amint az 1456-ban kiadott okirat is bizonyítja. Ugyanekkor a román stílusú torony többnyire a templomhoz illesztődött, a tetőzetszint magasításának köszönhetően, a déli portál, pedig egy gótikus keretet kapott. Bethlen Gábor adományozásának eredményeképpen, a tornyot 1615-ben megjavítják. A XIII. század eseményei után, melyek a templom károsítását is okozták, egy jelentős átépítési folyamat kezdődött, ezek során a karzatot és a sekrestyét egy sokszögű abszissal helyettesítik. A régi karzatból egy festett fapad maradt fenn, 1679-es felirattal, az új oltár a barokk korszak stílusát tükrözi. Ugyancsak itt egy 1736-ból származó sírfelirat is található. A mellékhajókat hosszabbították, visszaállítván a boltozatszerkezetet, a főhajó mennyezetét, pedig egy kettős boltíves, masszív falpillérre támaszkodó dongabolozattal helyettesítették. A főhajó nyugati oldalán emelik az orgona fából készült karzatát.

A templomot körülvevő falövezet körvonala és egy belső kaputorony jelenléte azt bizonyítja, hogy ez a templom építése óta létezett, majd a XV-XVI. században ezt a tüzfegyverekhez alkalmazták, amikoris lőrésekkel és öntőnyílásokkal látták el. Ugyanebben az időszakban a falakhoz téglából boltíves éléskamrákat illesztettek. A támpillérekre támaszkodó fal mentén mindvégig, befelé eső fedélzettel, egy védelmi galériát alakítottak ki. A XV. században a kaputoronytól keletre emelték fel a papilakot, pincével és földszinttel. A következő századból valók a védelmi függöny és a keleti oldalon található torony romjai.